В мае 1940 г. Германия оккупировала Нидерланды, и оккупационное правительство начало преследовать евреев.

В июне 1942 через несколько дней после тринадцатилетия Анны Франкам приходят повестки в гестапо на имена Отто и Марго. После чего 6 июля Франки переселились в убежище, устроенное сотрудниками производящей джемовые примеси и добавки фирмы «Опекта», в которой работал Отто Франк, по адресу Принсенграхт 263.

Как и другие здания Амстердама, стоящие вдоль каналов, дом номер 263 на набережной Принсенграхт состоит из парадной и задней части. Офис и помещение хранилища занимают переднюю часть строения. Задняя часть дома — нередко пустующее помещение. Вот его-то с помощью своих подчинёных Виктора Кюглера, Йоханнеса Клеймана, Мип Хиз и Беп Фоскёйл и облюбовал Отто Франк под будущее убежище. Вход был замаскирован под шкаф с документами.

13 июля к ним присоединилась семья Ван Пельс из Оснабрюка в составе Германа ван Пельса, его жены Августы и сына Петера.

16 ноября 1942 года в убежище принимается восьмой житель — дантист Фриц Пфеффер.

В убежище Анна вела дневник в письмах. Эти письма она писала вымышленной ею подруге Китти. В них она рассказывала Китти, всё что происходило с ней и с другими обитателями убежища каждый день. Свой дневник Анна назвала Het Achterhuis (В заднем доме). В русской версии — «Убежище». Первую запись в дневнике Анна сделала в день своего рождения, 12 июня 1942 года, когда ей исполнилось 13 лет. Последнюю 1 августа 1944 года.

Сначала Анна вела дневник только для себя. Весной 1944 года она услышала по нидерландскому радио Оранье (редакция этого радио эвакуировалась в Англию, откуда вещала вплоть до конца войны) выступление министра образования Нидерландов Болкестейна. В своей речи он призывал граждан сохранять любые документы, которые станут доказательством страданий народа в годы фашистской оккупации. Одним из важных документов были названы дневники.

Под впечатлением от выступления Анна решила на основе дневника написать роман. Она тут же начинает переписывать и редактировать свой дневник. Параллельно она продолжает пополнять первый дневник новыми записями.

Обитателям убежища Анна, включая себя, дает псевдонимы. Себя она хотела сначала назвать Анной Аулис, потом Анной Робин. Семейство Ван Пельс Анна назвала Петронеллой, Гансом и Альфредом Ван Даан (в некоторых изданиях — Петронелла, Герман и Петер Ван Даан).